東海・東南海・南海・日向灘を震源とする4連動地震の津波シミュレーションの結果を踏まえ、新庁舎（行政棟、議会棟、警察棟）の1階フロアの主要な床の高さを標高4.8ｍ程度、周辺からのアクセスに配慮する部分の床の高さを標高4ｍ程度とし、津波等に対する安全性を確保します。

　また、庁舎内のライフラインの安全性を確保するため、主要な機械室は、2階以上に配置します。

　なお、国が行った同シミュレーションでは、長崎市において標高4ｍの最大津波高(最大水位)が予測されています。

　また、長崎魚市跡地の岸壁の高さは標高2m77cmであり、長崎港において観測史上最高の潮位となった台風16号（平成24年9月）による潮位（2ｍ26cm）よりも高く設定されています。