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総務課

• 庶務、予算、庁舎管理等

企画・環境科

• 気候変動適応に関する調査研究
• 大気環境の保全に関する調査研究
• 環境放射能に関する調査
• 企画調整、教育研修、情報発信

地域環境科

• 大村湾の環境保全と活性化に関する調査研究
• 諫早湾干拓調整池の水質保全と水辺空間づくりに関する調査研究
• 自然共生に関する調査研究
• ツシマヤマネコ保護増殖事業に係る検査

保健科

• 感染症の究明・拡大防止に関する調査研究
• 食中毒原因物質の究明に関する調査研究
• 感染症発生動向調査事業に係る検査
• 食中毒に関する検査

生活化学科

• 健康被害原因物質の迅速分析法に関する調査研究
• カネミ油症にかかる血中PCB検査
• 食品等の規格基準（残留農薬、動物用医薬品、添加物、アレルゲン等）検査
• 医薬品等化学物質に関する検査