沿革本文
| 昭和29年12月1日 | 県立整肢療育園開設（50床）、21日第1回入園式 |
| 昭和34年5月1日 | 増床（100床） |
| 昭和37年4月1日 | 増床（160床、母子棟10床含む） |
| 昭和48年3月30日 | 本館、第一、第二病棟改築完了 |
| 昭和57年4月1日 | 島原通園部（県立島原温泉病院内）設置 |
| 平成13年4月1日 | 「県立こども医療福祉センター」に名称変更、病床を60床へ変更 |
| 平成13年9月30日 | 島原通園部廃止 |
| 平成17年8月22日 | 新センターでの業務開始 |
| 平成23年4月1日 | 地域連携室創設、業務開始 |
| 平成26年12月 | 創立60周年（記念講演会開催） |