| 年月 | 事柄 |
|---|---|
| 昭和26年12月 | 長崎県細菌検査所（明治36年4月設置）、長崎県衛生試験室（明治42年設置）を統合し、長崎県衛生研究所として長崎市中川町128番地で発足。総務課、細菌検査課、化学試験課、食品衛生検査課の4課制 |
| 昭和36年4月 | 所内組織改正し、総務課、細菌病理課、食品衛生課、衛生化学課 |
| 昭和42年4月 | 長崎市滑石32番31号に衛生研究所・保健所・福祉事務所の総合庁舎が完成し移転 |
| 昭和46年4月 | 公害問題に対応するため所内組織改正し、総務課、公害環境課、衛生化学課、細菌課、ウイルス課の5課制 |
| 昭和47年10月 | 福祉事務所の転出により、その使用部分を改造して施設を拡張 |
| 昭和48年10月 | 衛生研究所を改組し、衛生公害研究所として発足。組織は総務課、公害研究部（大気科、水質科、衛生化学科）、衛生研究部（微生物科、環境生物科） |
| 昭和51年6月 | 長崎市滑石1丁目9番5号に衛生公害研究所本館庁舎を増設し移転 |
| 昭和54年3月 | 長崎県大気汚染常時監視テレメータシステムを導入 |
| 昭和54年4月 | 内部組織改正で総務課、公害研究部（大気科、水質科）、衛生研究部（衛生化学科、微生物科、環境生物科）となる |
| 昭和56年12月 | 創立30周年を迎えた |
| 昭和62年3月 | 長崎県大気汚染常時監視テレメータシステムを増設、更新 |
| 平成2年12月 | ゲルマニウム半導体核種分析装置を設置 |
| 平成4年2月 | 質量分析装置及び放射能モニタリングポストを設置 |
| 平成9年3月 | 長崎県大気汚染常時監視テレメータシステムを更新 |
| 平成11年3月 | 超微量化学物質分析施設完成 |
| 平成13年3月 | 新衛生公害研究所基本構想策定 |
| 平成13年4月 | 内部組織改正で、衛生研究部は衛生化学科と衛生微生物科となる |
| 平成15年4月 | 県内7つの県研究機関を統括する政策調整局へ移管 |
| 平成16年3月 | 新衛生公害研究所「長崎県環境保健研究センター（仮称）」整備計画策定 |
| 平成16年4月 | 組織改正で、企画情報課が新設される |
| 平成18年4月 | 科学技術振興局へ移管 |
| 平成18年11月 | 環境保健研究センター設置条例可決 |
| 平成19年4月 | 大村市池田2丁目1306番地11に環境保健研究センター新築移転 組織改正により、総務課、企画情報課、研究部（環境科、生活化学科、保健科）の2課1部（3科）体制となる |
| 平成23年4月 | 環境部に移管 |
| 平成28年4月 | 組織改正により、総務課、企画環境研究部（企画・環境科、地域環境科）、保健衛生研究部（保健科、生活化学科）の1課2部（4科）体制となる |
| 令和2年4月 | 県民生活環境部に移管 |
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