対馬内院の宝篋印塔と五輪塔群は、対馬の南端に位置する内院にある中世の石塔群である。
　奈伊良神社参道脇にある宝篋印塔は、良質の花崗岩製で総高303.5cmの巨大な石塔である。銘文や関連史料を欠くため建塔の事由は不明であるが、彫出技術の高さや各部分の特徴から、関西形式で製作時期は南北朝～室町時代初期（14世紀後半頃）と考えられる。保存状態は大変良く、建塔当時の姿を今に伝える県下でも貴重な石塔である。
　五輪塔群は14基を確認することができる。完形塔１基を除き伝来の過程での石材の滅失や補充および混在が認められるが、完形塔には応安7年（北朝暦・1374年）の年記が刻まれており、対馬最古の五輪塔であるとともに、石塔群の形成時期を示唆する。
　内院の宝篋印塔及び五輪塔群は、いずれも島外から海上ルートを介して対馬に招来されたとみられ、中世流通史・海運史及び中世の石塔文化史上における学術的価値が高い。