当寺に所蔵されている経典は、元(げん)版のものが大部分である。当寺への伝来は、観音寺（本町小綱）を経由してきたものであるが，中国からの請来については不明である。当寺の経典は元版五部大乗経を中心としたもので、対馬へ請来された経典のなかでも，特異な位置を占めるものと考えられる。特に華厳((けごん))経については、元(げん)の国家事業（版刻）の仏法寺版の可能性が高いと言われ、重要なものである。
粗目録
①大方廣彿華厳経（80巻本）―3巻欠―※佛説梵網経（上下2巻本）②大方等大集経（50巻本）（巻1―30）※日蔵経（巻1―10）※月蔵経（巻1―10）※菩薩珱珞本業経（上下2巻本）
③摩訶般若波羅密経（30巻本）※佛説仁王護国般若波羅密経（上下2巻本）
④彿説無量義経（1巻）※彿説観普賢菩薩行法経（1巻）
⑤大般涅槃経（40巻本）※大般涅槃経後後分（上下2巻本）※佛説像法決疑経（1巻本）。
①～⑤は元版、最後の決疑経は和版。合計208巻、ほか断簡3点。


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