本殿
　亀岡神社の境内北端中央の高い石垣に本殿が建つ。桁行3間、梁間3間の切妻造で、屋根は鉄板葺で棟に千木と鰹木が飾られている。入口は桁側から入る平入で正面中央に階段があり左右に神像を安置させる独特の形式をもつ。
社幣及び登廊
　幣殿は北に本殿を配置し、拝殿の北側中央から幅1間、奥行き1間半、一段下がった床の突き当たりに御神体の「鏡」が置かれている。そこから3.5ｍ高い本殿に向けてアーチ状の登り階段を造り本殿回廊へとつなげている。
　登廊では太鼓橋状に反りを持たせ側面に欄干を配置するなど本殿とともに独特の形式をもつ。
拝殿
　拝殿は阿翁石と呼ばれる松浦市鷹島産の玄武岩で作られた基壇の上に建てられ桁行3間、梁間3間の入母屋造、本瓦葺で3面に欄干を配した廊下が廻り正面に石段を設ける。　内部には合祀した四社のうち三社の額が掲げられ神社の歴史が伝えられる。
神楽殿
　神楽殿は参道の西面に建ち、桁行3間、梁間3間入母屋造本瓦葺で背面に桁行1間、梁間3間の後座を設ける。床は板張りで、四方を吹放しとしている。
　懸魚には亀が彫られた装飾が施されている。国の重要無形民俗文化財の平戸神楽を奉納する舞台として亀岡神社に欠かせない社殿である。

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