元和９年（1623）長崎在留の唐人達がキリスト教徒でないことを証明するためと宗教行事を行う場所として創建したのが興福寺の起りで、わが国最初の唐寺であり臨済宗黄檗派発祥の地である。
　９代までの住職は唐僧で、２代黙(もく)子(す)和尚は眼鏡橋の架設に尽力し、３代逸(いつ)然(ねん)和尚は長崎に漢画の法を伝えた。また隠元(いんげん)禅師は先ず当寺に登って、錫(しゃく)を止めて開法開山となり、次いで宇治に黄檗(おうばく)山万福寺を創建してわが国黄檗宗の開祖となった。


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