男女群島は福江島の南南西60㎞にあり、おもな島は５つ、全島が溶結凝灰岩からなり、総面積4.75km2、最高峰は女島(めしま)の海抜283ｍである。海岸線には断崖をめぐらし、柱状節理が発達する。男島(おしま)と女島では山中に森林がある。その主木は、タブノキ・ヤブニッケイ・ショウベンノキで、林下にはオオタニワタリ・クワズイモ・アオノクマタケラン・オオイワヒトデ等が密生する。海岸近くにはマルバニッケイ（北限地）の群落がある。植物相は南方系植物をふくみながらも、裸子植物・ブナ科・ツツジ科・ハイノキ科を欠き、キク科・マメ科・ラン科が貧弱な島嶼(とうしょ)型の特徴をもつ。動物相においては、ザウテルヘビの日本唯一の生息地であり、陸産無脊椎動物に固有種がいる。鳥類には、カツオドリ・アカコッコ・アカヒゲなど南方系がおり、オオミズナギドリが多い。固有の自然状態をよく保持しており、保護すべき天然記念物に富んだ代表的一定の区域として天然保護区域として指定された。

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