特別代理人制度は廃止されました。
これまで、理事長個人と医療法人の利益が相反する取引（利益相反取引）を行う際には、取引の公正性を担保する観点から、医療法人は長崎県知事に申請のうえ「特別代理人」の選任を行い、契約は、理事長個人と医療法人の「特別代理人」が交わすという手続きが義務付けられていました（改正前医療法第46条の4第6項）が、平成28年9月1日に施行された改正医療法で、この「特別代理人制度」が廃止されています。
その代わりとして、今後、「利益相反取引」を行う場合には、理事会において、「取引につき重要な事実を開示しその承認を受け」、さらには「取引後には事後報告を行う」ことが義務付けられました。つまり今後は、利益相反取引を行う場合であっても、長崎県知事への「特別代理人選任申請」は必要でなく、理事会の事前承認と事後報告という、いわば医療法人の内部手続きのみで足りるようになったということです（改正医療法第46条の6の4、第46条の7の2）。
ただし、改正医療法では、「利益相反取引によって医療法人に損害が生じたときは、理事又は監事は、医療法人に対し損害を賠償する責任を負わなければならない」と定められていることから、取引の是非を判断する理事会には、これまで以上に慎重な判断が求められると言えます（改正医療法第47条）。
なお、理事長個人と法人理事長（同一人物）の契約は、民法が「双方代理」として禁止していますが、改正医療法では、「理事会の承認を受けた利益相反取引については、民法第108条の双方代理の禁止は適用しない」旨を規定しています（改正医療法第46条の6の4が準用する一般社団財団法第84条第2項）。
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