平成21年4月1日をもって、旧農務課行っていた「農業関係各種事業・制度」「農業関係制度資金」「肥料・農薬販売業者の届け出」「畜産環境保全」などの各種業務については、佐世保市吉井町（旧県北農業改良普及センター庁舎内）の農業振興課が取り扱います。 このうち、農地法、農振法（農業振興地域の整備に関する法律）に関する業務につきましては、本庁農林部農政課が取り扱うようになりました。

なお、建設部の業務の移管につきましては建設部のホームページをご覧下さい。