１部５課（科）体制です。
総務課
庶務、予算、庁舎管理等を担当します。
企画情報課
研究等に対する県民・企業ニーズを把握・分析し、それらが研究課題として反映できるよう研究テーマの企画調整及びセンター内外との連携調整等を行います。
また、開かれたセンターを目指し情報の収集発信機能や教育研修機能の充実化を図るため、センター内及び他機関等との連絡調整を適切に実施推進します。さらに、研究員の育成強化に繋がる各種施策や研究成果の普及に係る連絡調整など、業務全般にわたる総合的企画調整を行います。
環境科
■試験・検査分野
【実施目標１：豊かで健全な環境の確保を図る】
水域、大気、放射能、土壌等環境の保全に関する調査・観測及び試験検査
■調査・研究分野
【重点目標１：地球環境保全と豊かで健全な環境の確保を目指す】
① 大気、放射能、土壌等環境の保全に関する研究
② 地球規模の環境問題に関する研究
【重点目標２：低炭素・循環型地域社会づくりを目指す】
① 資源の循環的利用の推進に関する研究
② 化石燃料の代替燃料に関する研究
【重点目標３：閉鎖性水域の環境浄化・水辺環境づくりを目指す】
① 大村湾及び諫早湾干拓調整池等閉鎖性水域の水環境改善等に関する研究
② 生態系を活用した水環境の改善手法に関する研究
生活化学科
■試験・検査分野
【実施目標２：食の安全・安心の確保を図る】
食品衛生対策に係る試験検査
【実施目標３：健康被害の予防と衛生水準の確保向上を図る】
健康被害対策に係る試験検査（医薬品、家庭用品及びカネミ油症に係る検査等）
■調査・研究分野
【重点目標４：安全・安心な生活の確保を目指す】
① 農産物、水産物等食品中の農薬、化学物質等の迅速分析法の確立に関する研究
② 健康被害原因物質（化学物質）の究明に関する研究
③ 農水産特産品に係る品質評価法等に関する研究
保健科
■試験・検査分野
【実施目標２：食の安全・安心の確保を図る】
食品衛生対策に係る試験検査
【実施目標４：感染症の究明・拡大防止を図る】
感染源の解明等に関する試験検査
■調査・研究分野
【重点目標４：安全・安心な生活の確保を目指す】
④ 食品健康被害原因物質（細菌・ウイルス）の究明等に関する研究
【重点目標５：感染症の究明・拡大防止を図る】
① 感染源及び病原性の解明等に関する研究
② 感染症の高感度迅速診断法並びに予防、治療に関する研究
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