長崎県環境保健研究センター３つの基本方針に則し、次の５つの基本的機能の効率的・効果的な運営を図ります。

１．試験・検査機能

　公的試験検査機関として、確かな技術力の維持と時流に即応した試験検査体制の整備に努め、危機管理を伴う緊急時においても、関係機関と連携して試験検査業務を効率的、効果的に実施します。試験検査の結果並びに情報を迅速かつ的確に業務所管課に提供し、行政施策を科学的・技術的側面より支援します。

２．調査・研究機能

　大学、国公立及び民間などの研究機関と協力、連携して研究者の育成及び研究力の向上に努め、国際的見地から先見性・地域特性に着目した課題や健康危機管理に関する課題等の研究に積極的に取り組みます。

３．情報収集・解析・発信機能

　国内外の情報収集機能を拡充整備して、迅速な科学技術の情報収集を行うとともに、県民からの意見や課題などの情報収集も積極的に行って研究立案に反映させます。センターで実施した研究の成果や疫学調査などの結果を関係行政部局等に提供することで政策に寄与します。
　 また、｢環境保健総合情報システム｣、｢感染症情報センター｣、「環境保健研究センターホームページ」等を通じて、これらの情報を県民等に迅速かつ分かりやすく発信または提供します。

４．教育研修機能

　環境･保健衛生･健康危機対応の科学的･技術的中核機関として地域指導者、教育関係者、保健所職員等に対する専門的研修や技術的支援を行い、科学的、技術的水準の維持、向上を図ります。併せて、講演会、環境･保健教室の開催やセンターの一般公開などを通じて県民、NPO、民間団体等の活動、学習の支援を積極的に行います。

５．企画調整機能

　以上の機能を拡充させ、円滑に遂行するため、県内関係機関及び大学等との合同または単独の国内外の第一線の研究者を招聘した講演会、シンポジウム等の開催企画、研究内容等の企画調整、民間･大学･国公立研究所等の研究機関及び企業との共同研究の企画調整、行政機関との連携調整、研究員の育成強化に繋がる各種施策や研究成果の普及に係る連携調整など、業務全般にわたる総合的企画調整を行います。