本庁各課
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| 課名 | 業務内容 | 関係機関 |
|---|---|---|
| 福祉保健課 | 生活保護、社会福祉協議会、福祉人材の処遇改善、災害救助関係、福祉・保健の統計等 | 福祉事務所 保健所 こども・女性・障害者支援センター |
| 監査指導課 | 社会福祉施設等の指導監査等 | |
| 医療政策課 | 地域医療（離島医師確保等）、感染症、看護職員確保対策等 | 佐世保看護学校 |
| 医療人材対策室 | 医師確保対策、離島・へき地の医療支援、看護職員確保対策等 | |
| 薬務行政室 | 医薬分業の推進、献血の推進、薬物乱用の防止運動、薬品・医療機器等の各種許認可、薬剤師免許及び毒物劇物取扱者試験等 | |
| 国保・健康増進課 | 後期高齢者医療制度(長寿医療制度)、国民健康保険、臓器移植関係等 | |
| 長寿社会課 | 介護保険、介護予防・生きがい活動支援、高齢者等の生活支援等 | |
| 障害福祉課 | 障害者（児童を含む）の福祉、法人の認可等に関すること等 | こども医療福祉センター |
| 原爆被爆者援護課 | 原爆被爆者の健康管理事業、援護事業、施設整備事業等助成事業 |
地方機関
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