宝亀教会は、平戸市中西部の宝亀町の高台に立地する。明治30(1897)年頃から建設に取りかかり、明治31(1898)年3月19日に献堂式が行われ、明治32(1899)年1月19日に教会認可されている。
　主構造は木造瓦葺で、正面だけは煉瓦造で構築される。両側面にベランダ状のアーケードがあるのは県内でも他に例がない。天井は4分割リブ・ヴォールト天井とし、室内空間はアーチの尖り方の強さもあって垂直性が強調されている。内部は三廊式で、床が板敷、柱は角柱の4面に半円形の付柱をつけ、身廊側の付柱は柱頭からさらに伸び、リブ・ヴォールト天井を支える。柱頭部の飾りは葉をモチーフとしたもので、柱頭の高さの壁面に花形の彫物がつけられている。礼拝空間の窓は、いずれもステンドグラスがはまる。
　宝亀教会は、木造から煉瓦造への過渡期の姿を示しており、当時の様相を現在も良好に留め、また平戸・北松地区のキリスト教布教の歴史を考える上で欠かせない存在である。

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