フューレ神父は文久2(1863)年には司祭館を建設し、次いで聖堂建設に着手し、元治元(1864)年に大浦天主堂を建設した。施工は小山秀（秀之進）である。横浜に次ぐ天主堂であるが、横浜天主堂が関東大震災で焼失したため、現存日本最古の天主堂となった。明治元(1868)年頃には正面両端の小尖塔が失われ、明治8(1875)年頃には脇祭壇の両脇に聖具室が増築された。明治12(1879)年頃に３廊式から5廊式に変更するなど、大規模な増改築がなされて現状となった。天主堂は安政6(1859)年から万延元(1860)年にかけて新しく造成された旧外国人居留地内の南山手に立地する。
　外観は煉瓦造の表面を漆喰塗りとし、正面切妻造、背面寄棟造、桟瓦葺とする。正面は身廊部が高い重層屋根の構成を表し、両脇には第2側廊の片流れ屋根を架す。中央の立面はバットレス(控壁)の柱形によって縦に3分割される。正面中央の屋根上には8角形平面の木造尖塔(鐘塔)を立てて金属板葺とする。主祭壇部の両側面と背面の中央柱間には、複雑なトレサリー装飾を施した高窓を設ける。
　平面は5廊式で、矩形を基本とするが、側面と背面に部屋を一部張り出す。列柱は束ね柱で、身廊部は3層構成をなす。天井はすべて漆喰塗り8分割リブ・ヴォールト天井で、尖頭アーチとする。全体的にゴシック調で統一されており、最初期の遺構でありながらも造形的には完成度が高い。
(「長崎の教会群とキリスト教関連遺産」構成資産候補建造物調査報告書引用)

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